倪光南院士的个性特点与决绝的态度，虽然在一定程度上帮助他走向了成功，但也正因为如此，他曾在某些关键时刻未能做出适当的妥协，最终导致了自己的失败。可以说，这一失败成为了时代的遗憾，而当时的局势也使他别无选择。周光召院士曾在后来的访谈中提到，倪光南和柳传志之间已经发展到了水火不容的地步，局势逼迫他们不得不做出二选一的抉择。尽管改革开放已经走过了许多年，但能够突显个人能力和潜力的企业家依然稀缺；相比之下，像倪光南这样的科学家却很多。倪光南将工作中的分歧提升到个人名誉受到攻击的层面，这显然是错误的。在随后的调查中，也证明柳传志并没有那些被指控的言论。
回到建国初期，倪光南年仅11岁时便随父母从老家迁往上海，在这个繁华的都市中度过了不少时光。1961年，倪光南以优异的成绩从南京工学院（现东南大学）毕业，并顺利进入中国科学院计算技术研究所工作。在这里，他从事了长达二十年的科研工作。倪光南扎实的技术功底和认真负责的工作态度得到了领导的高度认可。1981年，他应邀赴加拿大国家研究院工作，而在两年后的1983年，他决定回国，将自己的技术专长贡献给祖国。
展开剩余81%倪光南带回国的，不仅仅是知识的积淀，还有他亲手挑选的汉字微机所需的一些零部件。基于这些零件，他经过一年的研究和开发，成功推出了震动国内外的“联想式汉卡”。这一突破性成果的问世，标志着1984年中国科技领域的一个里程碑。同年，柳传志和另外10位伙伴成立了中国科学院计算技术研究所新技术发展公司，初始资金为20万元。
公司成立后，柳传志邀请倪光南加入，并带领他与汉卡团队一起加入了新公司。二人在公司中分别负责战略管理和技术研发，正是凭借他们的默契合作，公司经历了辉煌的十年。在这期间，倪光南和柳传志被誉为科技界的“双子星”。随着“联想式汉卡”声名远扬，公司也随之改名为北京联想新技术发展公司。
1990年代初，柳传志结识了从英国留学归来的吕谭平。吕谭平与几位朋友共同成立了代理外国元器件的香港导远公司。在此期间，柳传志与吕谭平建立了业务关系，两者相互支持，进一步拓展了各自的事业。1987年，考虑到计算机产业的零部件需求和销售形势，柳传志与吕谭平商议，决定在香港成立一家公司，专门负责北京联想公司生产的微机销售，并代理国外元器件。然而，由于资金问题，创办公司并非易事。幸得柳传志父亲的帮助，借助国家信誉，最终成功成立了中国科技转让（香港）公司。该公司能够从银行贷款，并享有外汇配额。于是，香港联想公司顺利成立，其中北京联想、香港导远公司和中国科技转让公司各持股33.3%。
然而，进入90年代初期，北京联想的发展遇到了一定的瓶颈。全球互联网的冲击掀起了剧烈波动，许多互联网公司纷纷裁员，经济损失惨重。与此同时，外国产品大量进入中国市场，联想也受到了一定的压力，公司的前景变得模糊不清。如何找到突破口，成为了众人思考的问题。柳传志认为，应该充分利用中国制造的优势，发展自主品牌；而倪光南则主张技术路线，着重发展芯片产业。倪光南已经开始着手建设芯片设计中心，满怀信心地推进项目，然而，他的努力屡屡受阻。由于公司收入的近一半被投入技术研发，却未见成效，许多高层管理人员对其产生了不满。尤其是常务副总裁李勤，有意“刁难”技术研发工作。这使得倪光南感到愤怒，并试图寻求柳传志的调解，却不料遭到拒绝。此后，倪光南与柳传志的关系逐渐恶化。
在香港联想公司成立后，由于其发展迅速，1994年，香港联想公司成功在香港交易所上市。然而，由于上市条件严格，需要增资扩股，而香港导远公司并没有足够资金。在柳传志父亲的帮助下，柳传志从北京联想公司调拨了1270万美元，其中约550万美元被借给香港导远公司，最终顺利完成增资扩股。香港联想公司成功上市，这笔资金的“来源”引起了倪光南的怀疑。于是，他多次实名举报，指控柳传志存在经济问题。随后的调查引发了更大的风波，柳传志与倪光南的关系已经彻底破裂。
调查结果公布后，北京联想公司召开了内部会议，明确指出技术研发和项目立项应由总负责人控制，强调柳传志在公司决策中的权力。倪光南提出的指控被认为缺乏证据，很多问题不符合事实，甚至有些显得轻率和不负责任。尽管柳传志和倪光南曾有过一段深厚的合作关系，并一度成为其他科技企业的榜样，但最终的局面令人感到惋惜。最终，会议决定解除倪光南的总工和董事职务。
1996年左右，由于吕谭平的决策失误，香港联想公司出现了较大损失，股票价格一度大幅下跌。为了挽救局面，柳传志决定将北京联想的优质资产注入香港联想，并通过一系列操作，在香港再次进行了二次上市。上市后，香港联想的股价飙升，柳传志和香港导远公司各持有53.3%和43.3%的股份，其余的股份由中国科技转让公司持有。吕谭平因此也从中获益，偿还了先前的债务。
倪光南在被解除职务后，多次向上举报，吸引了上级领导的关注。经过随后的调查，相关单位认定倪光南所提出的问题仅仅是工作中的疏漏和不足，并未发现任何违法违纪行为。最终，公布的结果是，倪光南被解聘，但他仍得到了500万的补偿。在获知这一结果后，倪光南写了一封长长的道歉信。
柳倪之争虽然画上了句号，但时过境迁，联想集团在随后的几年里完成了股改。柳传志在几轮股份变动后，个人持股比例大幅上升，这引发了“国有资产流失”的舆论声浪。有人认为应当对倪光南进行适当的补偿，甚至提出可以分一部分股份给他。曾经平息的柳倪之争再度成为公众话题，而当时的领导层逐渐年老，尤其是周光召院士，重新陷入了公众视野。当前国际芯片领域的争议再次激起了国内的舆论风波，倪光南院士的支持者逐渐增多，局面再次变得复杂。
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